净实验室有时候是单独建设，有时候是整体实验室建设的一部分。在洁净实验室这个区域，也可以分为洁净区、准洁净区和辅助区三个部分。洁净实验室的设计规划布局包括了平面布局、净化路线、通风管道线路。
一、洁净实验室平面设计
洁净实验室平面设计规划布局按照洁净区、准洁净区和辅助区三个区域的位置不同进行划分规划，可分为外廊环绕式、内廊式、两端式、核心式。
外廊环绕式的外廊可以有窗和无窗，兼作参观和放置一些设备用，有的在外廊内设值班采暖。外窗必须是双层密封窗。
内廊式：洁净室设在外围，而走廊设在内部，这种走廊的洁净度级别一般都较高，甚至和洁净室同级。
两端式：洁净区设在一边，另一边设准洁净和辅助用房。
核心式：为了节约用地、缩短管线，可以洁净区为核心，上下左右被各种辅助用房和隐蔽管道的空间包围起来，这种方式避开室外气候对洁净区的影响，减少了冷热能耗，利于节能。
二、洁净实验室净化路线
洁净实验室净化路线分为人身净化与物料净化。人身净化是指人员在进入洁净区之前要进行更换洁净服并吹淋、洗澡、消毒等人身净化措施。物料净化是指各种物件进入洁净区之前必须净化处理，而且物料净化路线与人身净化路线应该区分开，物料净化要进行粗净化与精净化两个阶段，而且这个过程还会吹落很多微颗粒，所以洁净区要保持负压或者零压状态。
三、洁净实验室通风管道线路设计
洁净实验室的各种管道布局非常复杂，一般洁净实验室通风管道线路设计规划布局都采用隐蔽组织方式，技术阶层或者技术夹道。
技术夹层分为顶部技术夹层与房间技术夹层。顶部技术夹层送、回风管的断面大，一般将其安排在夹层的最上方，其下安排电气管线，地板承重相对较强时，可在上面设置过滤器及排风设备等。房间技术夹层与顶部相比，可减少夹层的布线与高度，下夹道内还可设回风机动力设备配电等，某层洁净室的上夹道可以兼做上一层的下夹道。
技术夹道的设计布局，一般都为竖向直线，还可以放置不宜在洁净室内的一些辅助设备，甚至还可以作为一般回风管道或静压箱，有的可安设光管型散热器。这类技术夹道(墙)由于大多采用轻质隔断，所以当工艺调整时，可方便地进行调整。
洁净实验室分为普通洁净实验室与生物安全实验室。普通洁净实验室中进行的实验不具有传染性，但要求环境对实验本身不造成不良影响，因此实验室内不设防护设施，而洁净度必须达到实验要求。生物安全实验室是具有一级防护设施的，可实现二级防护的生物实验定。凡进行微生物学、生物医学、功能实验及基因重组等领域的科学实验均需要生物安全实验室。
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